L'archivio storico dell'Università di Bologna, dichiarato di particolare importanza con decreto del Ministero per i Beni culturali ed ambientali del 20 dicembre 1980, conserva oggi tutti gli atti e documenti prodotti o ricevuti dagli uffici dal 1860.

Nell'archivio sono altresì compresi il fondo degli studenti della natio germanica (statuti, annali, matricola), risalenti al secolo XIII, i cimeli e le corrispondenze provenienti da tutte le università del mondo per le celebrazioni dell'VIII e del IX Centenario dello Studio bolognese, archivi di docenti, una sezione di archivi di architettura che raccoglie documenti, disegni, modelli di architetti e ingegneri che hanno operato a Bologna nel corso dell'ultimo secolo.